S-a născut în Iași într-o familie cu un interes deosebit pentru cultură și s-a bucurat de îndrumarea unora dintre cei mai erudiți români ai secolului XIX și XX.
În școala primară l-a avut ca învățător pe Ion Creangă care deseori îl lua de la poartă pe tânărul Racoviță și de la care se spune că a căpătat discursul oratoric cu puternic accent moldovenesc. Continundu-și educația la ”Institutele Unite” a avut oportunitatea să îl aibă profesor de chimie pe Petru Poni, profesor de istorie pe A.D. Xenopol, iar cel care avea să-i fie cel mai influent pedagog a fost profesorul de științe și geologie, distinsul Grigore Cobălcescu. Tot la acest institut de educație, Emil Racoviță a fost coleg cu Sava Anastasiu, Grigore Antipa, Dimitrie Voinov și Nicolae Leon.
În anul 1886 primește o bursă pentru a studia Facultatea de Drept de la Sorbona, însă tânărul Racoviță frecventează și cursurile Facultății de Știință imediat după ce termină Dreptul. În anul 1896 își finalizeazp doctoratul după cinci ani sub îndrumarea profesorului Lacaze-Duthiers care conducea Laboratorul Oceanologic ”Argo”.
În timp ce își executa stagiul militar obligatoriu la Iași, Emil Racoviță a primit o scrisoare din Belgia pentru a lua parte la o expediție de explorare a Antarticei. Acceptă oferta și astfel devine unul dintre primii oameni din lume care rămâne peste iarnă la Polul Sud alături celebrul Roald Amundsen și alți 17 cercetători de știință la bordul vasului ”Belgica” între anii 1897 și 1899.
Aici ieșeanul Racoviță studiază comportamentul faunei antarctice și colecționează 1200 de corpuri zoologice + 400 de corpuri botanice pentru a le aduce înapoi în Europa.
Anul 1904 aduce o schimbare majoră în viața cercetătorului Racoviță care într-o călătorie în Marea Mediterană ajunge într-o peșteră din insula Mallorca unde găsește un mic crustaceu necunoscut. Această descoperire ajunge să devină o nouă pasiune a oceanografului român și anume biospeologia. Racoviță avea să înființeze primul Institut de Speologie din lume la Cluj.
După numai 15 ani de activitate, în această ramură nou înființată a științei, ajunsese la aproape 800 de peșteri explorate, 20 000 de animale cavernicole colectate, 41 de lucrări științifice scrise pe aproximativ 3400 de pagini.
Este considerat unul dintre fondatorii speologiei mondiale și a fost unul dintre cei mai apreciați oameni de știință români în afara țării. A fost președintele Societății de Zoologie a Franței, membru al Societății de Geografie din Franța, membru corespondent al Societății de Științe Naturale din Barcelona, membru corespondent al Societății Zoologice din Londra, Doctor Honoris Causa al Universității din Lyon și a primit multe alte distincții.
